影片简介
科学家利用梦幻的睫毛DNA，制造出史上最强宝可梦——超梦。
超梦醒来后得知自己是“人造物”，愤怒毁灭了实验室，隐居孤岛，克隆了包括梦幻在内的多只宝可梦，向人类发出挑战书。
小智、皮卡丘及一众训练家受邀来到孤岛。
超梦宣称要证明克隆宝可梦强于原版。
一场场对战，小智发现超梦并非邪恶，而是极度孤独与迷茫。
最后，当超梦的克隆梦幻与真正的梦幻对波时，小智冲进两道能量束之间，被石化。
皮卡丘的眼泪落在小智身上，所有宝可梦的眼泪汇聚，让小智复活（实际上是原版与克隆宝可梦共同的悲伤产生了奇迹）。
超梦被震撼，他问梦幻：“我是谁？
”梦幻没有回答，只是轻轻碰了碰他的额头。
超梦带上所有克隆宝可梦，飞向远方。
片尾彩蛋，超梦对镜头说：“我也有生存的权利，对吧？
”
